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Après s'être opposé au régime de Vichy pendant  la résistance, Henri Marrou prend position ouvertement contre la politique menée par le gouvernement français en Algérie dans le nouveau cadre de "l'Union française". Il la dénonce dans Esprit en octobre 1948, il se joint au "Comité chrétien pour l'entente entre la France et l'Islam" fondé par Louis Massignon, il signe dans l'Express en 1953 l' "Appel des intellectuels  pour la paix en Algérie" aux côtés de Mauriac,de Massignon,  de Mandouze, et se voit  stigmatisé dès lors par de nombreux collègues.
Sa position se radicalise lorsque la répression va jusqu'à employer la torture - dont il avait  déjà signalé, dans Esprit (juillet 1949) qu'elle était contraire aux Droits de l'homme. Dans Le Monde du 5 avril 1956 paraît l' article" France ma patrie" signé "Henri Marrou, professeur à la Sorbonne" , il y dénonce les "moyens infects que sont les camps de concentration, la torture et la répression collective". C'est la première prise de position publique  sur le sujet ( avec celle de Mgr Chappoulie l'évêque d'Angers) et son retentissement est considérable. Une enquête est diligentée contre Marrou, une perquisition a lieu à son domicile, le ministre de la Défense Nationale Bourgès-Maunoury ironise sur le désordre qu'elle a causé " dans les papiers du cher professeur". Marrou est applaudi par ses étudiants, soutenu par une pétition de plusieurs collègues. Dans le même esprit,  il publie,  le 23 novembre  1956, au lendemain de l'expédition de Suez,  l'article "France prends garde de perdre ton âme" dans Témoignage chrétien.

Lorsqu'André Mandouze, latiniste, maître de conférence à Alger , est incupé d' "atteinte à la sûreté extérieure de l'Etat" ( alors que l'Algérie est encore un département français ) et incarcéré à la Santé, un comité pour sa défense se réunit  dans les locaux d'Esprit, avec à sa tête François Mauriac, Louis Massignon et Henri Marrou. Celui-ci publie dans Témoignage chrétien (1er juin 1956)  un article sur "La chasse aux sorcières". A. Mandouze sera libéré.

Le 21 juin 1957, le jeune mathématicien Maurice Audin disparaît, on saura plus tard qu'il est mort sous la torture. Marrou adhére dès sa création au "Comité Maurice Audin" dont Pierre Vidal-Naquet est la cheville ouvrière, il témoigne que Marrou   "vint à toutes les réunions importantes, signa tous les textes", favorisa auprès de la presse et par ses conférences la diffusion des textes et témoignages concernant l'Affaire Audin. Le directeur de thèse  de Maurice Audin, Laurent Schwartz, organise sa soutenance  en son absence, événement que  Marrou salue dans Témoignage chrétien ( 6 décembre 1957). Il est présent au SGEN le 9 décembre suivant  pour entendre R. Delavignette, membre de la Commission de sauvegarde des libertés individuelles, parler de l'enquête menée en Algérie sur la torture.

En novembre 1958, devant les Intellectuels catholiques, il prononce une conférence intitulée " Patrie chrétienne et royaume de Dieu" où il s'interroge sur le recours à la torture et aux violences : est-il  légitime  pour un chrétien, "même  pour se procurer renseignements militaires  ou aveu policier" ?  Les grandes nations sont celles qui auront été le moins infidèles "à  l'exercice de la charité la plus directement évangélique", ou en tout cas  " n'auront pas accepté de demeurer dans le mal mais, chaque fois, se seront redressées, corrigées; c'est du moins cela la patrie, pour les chrétiens; ce sont là les patries pour lesquelles on peut vivre, combattre, et s'il le faut, mourir."