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Henri Marrou définit dans ses Carnets posthumes , à la date du 15 août 1944, ( p. 467-471) son « Attitude politique de 40 à 44 ». Quelques extraits de ces pages :

 «  Je crois bien avoir été le Résistant à l’état pur […] Je me souviens, l’oreille tendue,[…] écoutant dès le 2ème jour les premiers appels de De Gaulle à la BBC [ …] Je n’ai  jamais accepté dans mon cœur la légitimité d’une armistice […] Pour moi la guerre n’a jamais été finie […] Toutes les initiatives nées à l’ombre de Vichy m’apparaissaient suspectes : les chantiers [ de jeunesse], les Compagnons [ de France], Uriage, Jeune France, l’armée de l’armistice […]  Dès juillet-août [1940] Paulding nous offrait une chaire aux U.S.  à Emmanuel [Mounier] est à moi : il nous aurait paru lâche d’accepter [ …]  Au fond nous avons toujours cru que notre rôle était de combattre le front intérieur : front de résistance spirituelle à l’hitlérisme[…] Je n’ai jamais oublié la terreur nazie ( avant même qu’elle s’abattît sur nous), la torture et la persécution d’Israël [ …] »

   Dès l’automne 40, Marrou diffuse le journal Liberté ( qui se fondra à Combat en 1941). Il  publie ensuite  dans les Cahiers de Témoignage chrétien, feuille  clandestine lancée par  les pères Fessard, Chaillet et de Lubac. Professeur à Lyon de 1941 à 1945, il est milite dans la Résistance auprès d’André Mandouze, de Jean Lacroix, de Joseph Hours, il voit venir à lui des étudiants tels que J.-M. Domenach, Gilbert Dru etc. Engagé dans « L’amitié chrétienne » dès sa fondation  auprès de J.-M. Soutou et de Joseph Rovan, il  participe activement au sauvetage organisé par eux des  juifs  français et étrangers. il intervient efficacement auprès du Cardinal Gerlier pour faire libérer Soutou  incarcéré au Fort Montluc ;  ses amis Jean Laloy  (en poste au Consulat de Genève) et Soutou (qui s’y est réfugié) sont renseignés par lui sur la Résistance en France et le tiennent  au courant des  événements internationaux ( cachés ou déformés par   le gouvernement de Vichy).  

   Témoignage de Jean-Marie Soutou (Bulletin des Amis d’Emmanuel Mounier, n° 50-51 ,février 1979) :  « Le rôle qu’a joué Marrou dans [la Résistance] est trop connu pour que j’y insiste. Il était présent à tout dès l’origine, voulait assumer tous les risques. Et cet homme que l’on aurait pu prendre pour un intellectuel abstrait […] se révélait dans les domaines concrets de l’action clandestine beaucoup plus précis, concret, ingénieux, efficace qu’on ne l’aurait pensé de prime abord. Mais son action irremplaçable il l’a menée […] en alimentant inlassablement les réflexions des groupes qui commençaient à s’organiser et allaient devenir les mouvements de résistance. Combien sommes-nous à nous être rendus chaque semaine près de lui sur les hauteurs de Saint-Just […] Nous puisions là du courage et une vision plus claire, plus assurée des problèmes. Nous évitions ainsi de dangereuses déviations. Grâce à Marrou nous n’oubliions pas la vraie nature et le sens du combat qu’il fallait y mener[…] Parfois il était comme effrayé par certaines visites  de jeunes que semblait animer un besoin d’action pour l’action, qui, faute de certitudes intérieures plus solides, paraissaient près de sombrer dans les abandons " d’une volonté d’orthodoxie  désespérée. " C’est alors que son influence devenait décisive. » L’enseignement « qu’il dispensait  à l’Université […] était pour lui l’occasion de tirer pour ses étudiants des leçons de l’actualité. Lors de la rentrée universitaire de 1942 il « prononça un discours retentissant sur l’Histoire dont le formules furent reprises dans des tracts et des publications clandestines :

            " Il n’y a pas de défaite qui ne puisse être surmontée si on refuse de s’y résigner ; il n’y a pas de peuple qui puisse périr s’il refuse de s’abandonner ; il n’y a pas de situation qu’on puisse appeler désespérée pour qui a l’âme assez bien trempée pour se refuser au désespoir ."

            Les convictions qui animent Marrou dans la Résistance sont 1)  le patriotisme : attachement à la France pour sa culture propre, sa vocation à la liberté, son histoire et ses traditions  ; aux étudiants catholiques il parle de « L’Amour chrétien de la France » (Cahiers du Témoignage chrétien,  Juillet 1944.)  2)  l’opposition radicale aux  totalitarismes et  particulièrement au nazisme ; 3) l’espoir que, de la Libération, naîtra une véritable « révolution ».                                          Cependant il s’inquiète aussi beaucoup pour l’avenir de la jeune « génération des mitraillettes ». En effet ( lettre à J.-M. Soutou du 7 janvier 1944), une jeunesse sans formation vit certes « des heures exaltantes, une totale liberté… avec le sentiment d’être le noyau parfaitement pur…. [Mais] tout cela est sentiment provisoire, exaltation vite retombée ; nous touchons à l’essence même du pré-fascisme : l’exaltation à creux d’une jeunesse sans formation intérieure, prête à toutes les duperies et à toutes les aliénations. »

            À la libération, Marrou est appelé par Yves Farge à siéger au Comité de Libération de Lyon ; il en démissionne au bout de trois semaines, écœuré par la « chasse aux sorcières », et se tourne vers l’avenir à reconstruire, principalement vers un projet de  réforme complète de l’enseignement. 

Dans une thèse récente, Sara Elean Iglesias Muñoz, Science, musique, politique: La musicologie française sous l'Occupation. 1940-1944, Thèse de doctorat, Paris, E.H.E.S.S., 2011.
Marrou  est présenté à deux reprises comme l'un des rares musicologues français aux côtés d'A. Schaeffner, V. Jankelevitch, Y. Rokseth et S. Corbin de Manjoux qui ait fait acte de résistance en refusant de publier dans les revues musicales françaises préférant les presses clandestines étrangères (p. 193-200, 359-362).